湖南文理学院细菌战罪行研究所成立于2001年9月18日（“九·一八”七十周年纪念日），是中国大陆高校目前唯一的研究日本侵华细菌战史及罪行的研究所。依托本校历史学专业的教师队伍，本所组建了一支高职称、高学历、结构合理的学术团队。目前主要成员有教授5人，副教授4人，博士4人，此外还特邀了国内外部分专家参与研究。

细菌战罪行研究所自成立以来，十几年间，研究团队齐心协力，开展了持续不懈的研究工作，先后承担国家级细菌战史研究项目2项，省级细菌战史研究项目5项，主办细菌战史国际学术研讨会3次，已在省级以上学术刊物发表细菌战史研究论文50多篇，出版细菌战史著作8部，在国内外建立了广泛的学术联系，产生了良好的学术影响和社会效益，成为国内外研究细菌战史实力最强、成果最多的研究机构之一。

2002年11月，主办了“日本细菌战罪行国际学术研讨会”，有中、日、美等国60余名专家学者参加，使研究所与国内外的细菌战问题研究学者建立起广泛的学术联系。2003年中国文史出版社出版了我所主编《揭开黑幕——2002中国常德细菌战罪行国际学术研讨会论文集》。

2002年至今，研究所在《湖南文理学院学报（社会科学版）》（2010年更名《武陵学刊》）开辟国内学术期刊第一个（也是唯一一个）“细菌战罪行研究”学术专栏，至今发表国内外学者的研究论文50余篇，产生了良好的学术影响。该专栏在2006年、2010年两次被中国人文社会科学学报学会评为“全国社科优秀栏目”。

2004年，研究所成员调研了常德细菌战受害史实，支持常德细菌战受害者对日索赔的国际诉讼，撰写了10余万字的《常德细菌战城区和石公桥居民受害鉴定书》，递交到日本法庭。

2006年12月，主办了“第二次日本细菌战罪行国际学术研讨会”，有中、日、美等国60余名专家学者参加，促进了研究所的研究工作进一步深入展开。

2007年，研究所获国家社科基金项目“日本侵华细菌战史研究”立项。

2009年，研究所成员应日本“太平洋战争亚洲受害者铭心会”邀请，赴日本东京、北海道等地进行了日本细菌战罪行研究的交流。

2011年，研究所发表在《抗日战争研究》2011年第2期的《六十年来国内外日本细菌战史研究述评》（2万字）被《中国社会科学文摘》2011年第10期转载，反映了我所在日本细菌战史研究领域达到了国内领先水平。

2014年，研究所在中国社会科学出版社出版了《日本侵华细菌战》一书（37万字）。这是目前国内最新、最系统、最全面的研究日本侵华细菌战史的著作。

2014年，获国家社科基金特别委托重大项目“中国南方地区侵华日军细菌战研究”立项。标志着研究所的研究工作处于国内该领域的前沿。

2015年1月，研究所在《军事历史研究》杂志第1期“侵华日军在中国南方的细菌战及其缘起”专栏刊发4篇研究论文。

2015年5月，主办了第三次“侵华日军细菌战罪行国际学术研讨会”，中、日、美等国共计70位专家学者参会，有中央电视台、中国社会科学网、光明日报等众多媒体采访和报道。

2015年6月，《中国社会科学文摘》2015年第6期转载了我所陈致远教授、罗运胜博士、特邀研究员奈须重雄在《军事历史研究》发表的细菌战史论文3篇。

2015年8-9月，中国社会科学出版社出版我所重要成果《侵华日军常德细菌战研究丛书》。该丛书分为《纪实》、《伤痕》、《控诉》、《罪证》共4册。与此同时，本所积十余年研究之功所著《日本侵华细菌战》一书，入选中宣部“百种经典抗战图书”重印发行，并传播至国外。

2015年12月，我所主要成员参加湘潭大学主办的纪念抗日战争胜利70周年学术讨论会，和与会的省内学者广泛进行了交流，宣传了我们的研究工作。

2016年1月，我所陈致远教授、朱清如副教授在《湖南社会科学》第1期专栏刊发了2篇细菌战史研究论文。

2016年6月，湖南省委宣传部领导亲临细菌战罪行研究所参观，听取了我所工作汇报。8月，我所确立为湖南省侵华日军细菌战罪行研究基地。

2017年5月，我所标志性成果《日本侵华细菌战》荣获湖南省第十三届社会科学优秀成果一等奖。

    2018年11月至12月，我所新的系列研究成果“中国南方侵华日军细菌战研究丛书”第一批专著，包括《侵华日军广州8604部队研究》（曹卫平著）、《侵华日军第9420部队及云南细菌战研究》（张华著）、《侵华日军细菌战重要外文资料译介》（李海军等编译）、《侵华日军在中国实施的鼠疫细菌战研究》（陈致远著），陆续由中国社会科学出版社出版。

    2019年12月，我所推出的“侵华日军常德细菌战研究丛书”荣获湖南省第十四届社会科学优秀成果二等奖。

    2020年8月至2021年4月，我所撰写的“中国南方侵华日军细菌战研究丛书”第二批专著《侵华日军在中国实施的霍乱细菌战研究》（罗运胜著）、《侵华日军1855部队研究》（柳毅、陈致远著），由中国社会科学出版社出版。

    2022年10月，国家社科基金特别委托重大项目“中国南方侵华日军细菌战研究”成果申请结项。

    2023年9月，本基地与湖南省革命军事馆开展馆校合作。